SysLab System Modeling and
Software Technologies
  • Home
  • Research
  • Publications
  • Projects (in Latvian)
    • ERAF projekti
      • Granulāro ontoloģiju rīku projekts
      • IT Drošības incidentu projekts
      • Tīklu vizualizācijas un analīzes rīku projekts
      • Procesu pārvaldības sistēmu būves projekts
      • Semantisko datubāzu platformas projekts
      • Uz grafiem balstītas sistēmbioloģijas datu modelēšanas un analīzes metodes
      • Dziļās mašīnmācīšanās modeļi un to pārvaldības ietvars
      • Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts
        • 1.1.1.2/VIAA/1/16/180 (E.Kalniņa)
        • 1.1.1.2/VIAA/1/16/214 (S.Kozlovičs)
        • 1.1.1.2/VIAA/1/16/218 (E.Rencis)
      • Kvantu kriptogrāfijas pielietojumu projekts
    • ESF projekti
      • Lietojumu balstīta datu grafiska un semantiska apstrādes un analīzes tehnoloģija
    • Valsts pētījumu programmas
      • SOPHIS
      • NexIT
        • 1.projekts
          • Populārzinātniski raksti
          • Vispārīga informācija
        • 4.projekts
    • Citi projekti
  • Staff
  • Contacts
  1. Home
  2. Projects (in Latvian)
  3. ERAF projekti
  4. Uz grafiem balstītas sistēmbioloģijas datu modelēšanas un analīzes metodes
  5. Sistēmbioloģijas projekta jaunumi
  6. 2017.gada janvāris - marts (31.03.2017)
Details
Parent Category: Sistēmbioloģijas datu modelēšana

2017.gada janvāris - marts (31.03.2017)

Aktivitātes WP1 ietvaros:
Veikta vairāku RNA-seq un LC-MS/MS datu apakškopu analīze. Izvērtēti pieejamie datu apjomi par dažādiem cilvēka šūnu un t.s. “cell line” šūnu tipiem, izpētīta atbilstība starp šūnu tipiem, kuriem dažādu pētījumu ietvaros ir veikta attiecīgi gēnu ekspresijas vai proteīnu koncentrāciju datu analīze. Uzsākta datu kopu statistiskā analīze ar sākotnējo mērķi reproducēt oriģinālo pētījumu autoru publicētos rezultātus par gēnu ekspresijas līmeņu un proteīnu koncentrāciju korelāciju starp dažādiem šūnu tipiem. 

Aktivitātes WP4 ietvaros:
Uzsākts darbs pie datu kopu sagatavošanas aktivitātes WP1 pētījumu veikšanai. Veikta vairāku pieejamo RNA-seq un LC-MS/MS ekspresijas datu dažādiem cilvēka šūnu tipiem priekšizpēte. Izpētītas datu apstrādei lietotās analīzes metodes un salīdzinātas pēc EMBL-EBI metodoloģijas apstrādātās Expression Atlas, gan oriģinālo pētījumu autoru (GTEx projekts, PRIDE Archive) publicētās datu kopas; izvēlētas turpmākajiem pētījumiem piemērotākās datu apakškopas.
Uzsākta izvēlēto datu kopu anotācija tās papildinot ar proteīnu homoloģijas, proteīnu funkciju un bioloģisko procesu (atbilstoši UniProt izmantotajā Gene Ontology klasifikācijai) datiem.

Aktivitātes WP5 ietvaros:
Uzsākta programmatūras komponenšu izstrāde RNA-seq un LC-MS/MS datu analīzei. Veikta LU MII izstrādāto “SNA tools” adaptācija proteīnu homoloģijas datu vizualizācijai un automatizētai klasteru identifikācijai.
Uzsākta programmatūras moduļu izstrāde statistisko korelāciju analīzei.

Sistēmbioloģijas projekta jaunumi

  • 01.06.2020

  • 01.09.2015

  • 01.09.2017

  • 01.09.2017

  • 01.09.2017

IMCS UL