Valsts pētījumu programma
"Nākamās paaudzes informācijas un komunikāciju tehnoloģiju (IKT) pētniecības valsts programma (NexIT) "
Projekts Nr.4 „Jaunas paaudzes liela apjoma datu apstrādes sistēmas” LU MII
Projekta ietvaros paredzēti teorētiski un praktiski pētījumi bioinformātikas un biomedicīnas un lielapjoma datu un zināšanu infrastruktūras izveides jomā.
Galvenie pētījumu virzieni
1. Metožu izstrāde liela apjoma bioinformātikas datu kopu analīzei un vizualizācijai.
2. Jaunu tehnoloģiju un programmatūras izstrāde fenotipu un ekeperimentos iegūto biomedicīnas datu kopu uzkrāšanai un datu resursu integrācijai.
3. Metožu un programmatūras izstrāde lokālo biomedicīnas datu resursu un datubāzu sasaistei ar centralizētiem ES un citiem starptautiskajiem datu repozitorijiem.
4. Liela apjoma datu analīzes sistēmu izstrāde, valodas analīzes, semantiskā tīmekļa, bioinfomātikas u.c. datu kopām.
5. Liela apjoma datu vizualizācijas metožu izstrāde.
PROJEKTA JAUNUMI
22.12.2014
Sagatavoti un iesniegti CAGEKID projekta ietvaros iegūtie DNS un RNS sekvencēšanas dati ICGC datu repozitorija 18. versijai (publicēta 20.12.2014.)
29.12.2014
Kopīgi ar sadarbības partneriem sagatavots un publicēts zinātniskais raksts: G.Scelo,..., J.Viksna, E.Celms, M.Opmanis, A.Zarins et al. “Variation in genomic landscape of clear cell renal cell carcinoma across Europe” , Nature Communications, vol. 5, doi:10.1038/ncomms6135, 2014.
06.03.2015
Sveicam Leo Trukšānu ar sekmīgu datorzinātņu doktora disertācijas aizstāvēšanu!
17.06.2015
Sagatavoti un iesniegti dati ICGC datu repozitorija 19. versijai (publicēta 16.06.2015.)
19.10.2015
Ir izstrādāta jaunas paaudzes mākoņdatošanas kompleksa koncepcija. Tā paredz piedāvāt vairāku līmeņu pakalpojumus (infrastruktūras – IaaS, platformas – PaaS, programmatūras – SaaS), gatavus platformu pakalpojumus, piemēram, Lielu Datu platformu. Inovācija ir spēja migrēt noteiktus pakalpojumus starp līmeņiem atkarībā no tā, cik nepastarpināta piekļuve fiziskiem resursiem ir nepieciešama. Ar šo inovāciju ir iespējams augstas caurlaidības skaitļošanas (HTC) pakalpojumu izvietot dinamiski pēc lietotāju pieprasījuma. Izveidota jaunā mākoņa izveides procedūra.
16.11.2015.
Sagatavots un publicēts zinātniskais raksts: A.Brazma, K.Cerans, D.Ruklisa, T.Schlitt, J.Viksna. "Modeling and analysis of qualitative behaviour of gene regulatory networks." Lecture Notes in Computer Science, vol.7699, pp.51-66, 2015.
18.11.2015
Sagatavoti un iesniegti dati ICGC datu repozitorija 20. versijai (publicēta 17.11.2015.)
28.01.2016
Sagatavots un prezentēts raksts konferencē: L.Trukšāns. E-Spiets2 – universāls mākonis zinātnei, Latvijas Atvērto Tehnoloģiju Asociācijas (LATA) konference, 2016.gada janvāris.
26.09.2016
Pabeigta un ieviesta ekspluatācijā augstas veiktspējas skaitļošanas (HPC) platforma kā daļa no universāla mākoņa kompleksa. HPC platformas vajadzībām izdalīto serveru skaits var tikt pielāgots, sekojot pieprasījumam pēc HPC aprēķiniem. Mākonī esošie pakalpojumi (tai skaitā, lielu datu platforma, koplietošanas datu glabātuves) ir lietojami HPC aprēķinu programmām gan ieejas datiem, gan rezultātiem. HPC aprēķinu programmām ir pieejams augstas veiktspējas, zemu aizturu, redundants 20Gb/s Ethernet kodola tīkls un 1PB ietilpīga SAN sistēma.
17.10.2016
Pabeigta IT doktorantūras skolas pētniecības e-infrastruktūras bāzes izveide.
14.11.2016
Projekta vadītājs kā LU MII Pārstāvis ir uzņemts H2020 programmas COST akcijas CA15120 Open Multiscale Systems Medicine vadības komitejā.
28.11.2016
Pabeigta reģionālo augstskolu pētniecības un izglītības IT centra (Regional Partner Research Facility) izveide.
02.12.2016
Sagatavots un publicēts zinātniskais raksts: J.Viksna, D.Gilbert. "Gene duplication models and reconstruction of gene regulatory network evolution from network structure." Baltic Journal of Modern Computing, vol. 4:5, 2016, pp.876-895.