Aktivitātes WP1 ietvaros:
Veikta nesen publicētās proteomikas datu kopas 29 cilvēka audu tipiem (E-PROT-29, Kuster et al) analīze. Kopas dati ir līdzīgi iepriekš analizētajiem E-PROT-1 datiem, bet ir iegūti viena eksperimenta ietvaros un aptver lielāku skaitu audu tipu (29 iepriekšējo 13 vietā). Iegūtie prognozēšanas rezultāti ir būtiski labāki par iepriekšējiem (vidējā R2 kļūda 0.54 salīdzinot ar 0.46), un šobrīd uz šīs datu kopas ir iegūti vislabākie prognožu rezultāti.
Veikti eksperimenti prognozēšanai izmantojot Uniprot anotācijas GO anotāciju vietā. Iegūto rezultātu precizitāte ir līdzīga abiem anotāciju veidiem, bet prognožu precizitāte nedaudz paaugstinās kopīgi izmantojot abu šo anotāciju datus.
Prognožu kvalitātes izvērtējumam veikta to salīdzināšana ar prognozēm randomizētos datos, iegūstot apstiprinošus rezultātus.
Aktivitātes ietvaros plānoto darbu izpilde ir pilnībā pabeigta.
Aktivitātes WP2 ietvaros:
Plānoto darbu izpilde ir pilnībā pabeigta. Projekta rezultāti ir prezentēti konferencē GIW/ABACBS 2019 un par rezultātiem ir publicēts raksts “Topological structure analysis of chromatin interaction networks” Scopus un Web of Science indeksētā žurnālā BMC Bioinformatics.
Aktivitātes WP3 ietvaros:
Veikta E.coli gēnu regulācijas tīkla analīze izmantojot iepriekš izstrādāto uz paterniem un grafletiem balstīto metodi homologo gēnu identifikācijai. Aktivitātes ietvaros plānoto darbu izpilde ir pilnībā pabeigta. Projekta rezultāti tika prezentēti konferencē CSBio 2019 un ir pieņemti publicēšanai Scopus indeksētā izdevumā ACM International Conference Proceeding Series.
Aktivitāšu WP4 un WP5 ietvaros plānoto darbu izpilde ir pilnībā pabeigta.