Aktivitātes WP1 ietvaros:
Veikta vairāku RNA-seq un LC-MS/MS datu apakškopu analīze. Izvērtēti pieejamie datu apjomi par dažādiem cilvēka šūnu un t.s. “cell line” šūnu tipiem, izpētīta atbilstība starp šūnu tipiem, kuriem dažādu pētījumu ietvaros ir veikta attiecīgi gēnu ekspresijas vai proteīnu koncentrāciju datu analīze. Uzsākta datu kopu statistiskā analīze ar sākotnējo mērķi reproducēt oriģinālo pētījumu autoru publicētos rezultātus par gēnu ekspresijas līmeņu un proteīnu koncentrāciju korelāciju starp dažādiem šūnu tipiem.
Aktivitātes WP4 ietvaros:
Uzsākts darbs pie datu kopu sagatavošanas aktivitātes WP1 pētījumu veikšanai. Veikta vairāku pieejamo RNA-seq un LC-MS/MS ekspresijas datu dažādiem cilvēka šūnu tipiem priekšizpēte. Izpētītas datu apstrādei lietotās analīzes metodes un salīdzinātas pēc EMBL-EBI metodoloģijas apstrādātās Expression Atlas, gan oriģinālo pētījumu autoru (GTEx projekts, PRIDE Archive) publicētās datu kopas; izvēlētas turpmākajiem pētījumiem piemērotākās datu apakškopas.
Uzsākta izvēlēto datu kopu anotācija tās papildinot ar proteīnu homoloģijas, proteīnu funkciju un bioloģisko procesu (atbilstoši UniProt izmantotajā Gene Ontology klasifikācijai) datiem.
Aktivitātes WP5 ietvaros:
Uzsākta programmatūras komponenšu izstrāde RNA-seq un LC-MS/MS datu analīzei. Veikta LU MII izstrādāto “SNA tools” adaptācija proteīnu homoloģijas datu vizualizācijai un automatizētai klasteru identifikācijai.
Uzsākta programmatūras moduļu izstrāde statistisko korelāciju analīzei.